Lợi dụng nhiệm vụ trực tiếp thu và quản lý tiền bán thuốc, Nguyễn Chung Thủy đã nhiều lần không nộp doanh thu về công ty theo quy định mà chiếm đoạt, sử dụng vào mục đích cá nhân. Tổng số tiền bị xác định chiếm đoạt là hơn 356 triệu đồng.